ปี 2505 ก่อตั้งขึ้นเป็น สถานีทดลองข้าวพิษณุโลก ได้รับมอบหมายให้รับผิดชอบการค้นคว้า วิจัยเกี่ยวกับข้าวและพัฒนาการทำนาในเขตพื้นที่จังหวัดพิษณุโลก พิจิตร, สุโขทัย, ตาก ในสังกัดกองบำรุงพันธุ์ กรมการข้าว กระทรวงเกษตร
ปี 2526 ยกระดับสถานีทดลองข้าวพิษณุโลกเป็น ศูนย์วิจัยข้าวพิษณุโลก สังกัดสถาบันวิจัยข้าว กรมวิชกาการเกษตร กระทรวงเกษตรและสหกรณ์
ปี 2546 ศูนย์วิจัยข้าวพิษณุโลกย้ายไปสังกัดสำนักวิจัยและพัฒนาการเกษตรเขตที่2 กรมวิชาการเกษตร กระทรวงเกษตรและสหกรณ์
ปี 2549 ศูนย์วิจัยข้าวพิษณุโลกย้ายไปสังกัดสำนักวิจัยและพัฒนาข้าว กรมการข้าว กระทรวงเกษตรและสหกรณ์
ปี 2558 ศูนย์วิจัยข้าวพิษณุโลกเปลี่ยนสังกัดสำนักวิจัยและพัฒนาข้าวเป็นกองวิจัยและพัฒนาข้าว กรมการข้าว กระทรวงเกษตรและสหกรณ์
